日本陸軍には、司令部偵察機という独特の機種が存在し、支那事変以前から高速機による戦略偵察の重要性を認識していた。
当時、戦略偵察の分野を確立していた国は他にはなかった。
また空母運用の艦上偵察機を配備していたのも日本海軍だけであった。
日本初の司令部偵察機・九七式司令部偵察機は昭和12年に採用されたが、同時に次世代機の開発が指示された。
陸軍の要求した『高度4,000mで航続時間が6時間、最高速度600km/h』
という目標値は当時の水準からいえば相当厳しいものだった。
昭和14年11月、三菱が完成した試作1号機は要求項目を満たしていなかったが、引き続き性能向上に努めることを条件として昭和15年8月に一〇〇式司令部偵察機一型[キ46-I]として仮制式採用となった。この時の機体は「ハ26-I」エンジンを搭載。
その後も性能向上のため改良が続けられ、エンジンを「ハ102」に換装された二型[キ46-II]についで、三型[キ46-III]は「ハ112-II」を搭載、風防の段がなくなった。
三型の保持した630km/hは陸海軍実用機中、最高であった。乗員は2名、武装は7.7ミリ機銃が1挺。
「新司偵」の名で親しまれ、北はアリューシャンからアジア・太平洋全域そして支那大陸にと大活躍をした。大東亜戦末期には改造され20ミリ機関砲や37ミリ砲(斜銃)を追加した防空戦闘機型も作られた。
四型の試作機二機が、昭和20年2月に北京・東京間を3時間15分(平均速度700km/h)で飛行したという未公認世界記録がある。
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