小笠原諸島は明治9年に日本の領有が確定した。
海軍は大正6年から父島に燃料貯蔵場を設け、太平洋の中継基地としていた。大正12年に陸軍が父島要塞司令部を設置、その後、砲台や通信施設、発電所、地下壕、トーチカが整備され堅牢な要塞となった。
大東亜戦開始時には、陸軍の父島要塞司令部と海軍の第五艦隊第七根拠地隊が配置されていた。
昭和18年末、大本営はマリアナ及びトラックなど中部太平洋方面の防衛強化を計画、19年2月に第31軍を発足させた。父島要塞司令部はその指揮下に入った。
5月、父島要塞司令部を基幹に第109師団が編成され、隷下の混成第1旅団は父島、第2旅団は硫黄島、混成第1聯隊は母島の守備についた。
さらに6月、第109師団を始め小笠原の陸海部隊で小笠原兵団を編成、31軍隷下から大本営直轄となり、司令部は硫黄島に置かれた。
第109師団長と小笠原兵団長は栗林中将が兼任した。
19年7月にマリアナを失陥、翌20年2月、米軍は硫黄島を攻撃、3月に守備隊は玉砕した。
父島、母島は、空襲や艦砲射撃を浴びたが激しい攻撃を受けることはなかった。その後、父島の混成第1旅団長が師団長となり109師団が再建され、敗戦まで父島の守備を続けた。
敗戦により小笠原諸島・南鳥島は米軍が占領・統治。日本に復帰したのは昭和43年のことだった。
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