ここは海軍省が明治十五年に馬門山海軍埋葬地と定め、以後、昭和二十年の大東亜戦終結まで横須賀鎮守府が管理運営していた。
戦後は、横須賀地方復員局が引き続き管理、昭和24年から横須賀市が引き継ぎ、墓域を拡張して一般市民の墓地ともなっている。
墓地は、山の地形からおおむね三段になっていて、下段・中段は兵たちの墓地で墓石が整然と並び、上段には七基の慰霊碑と士官の墓石が並んでいる。
この墓地に眠る御霊は次ぎのとおり。
海軍関係単独埋葬者 279柱
供養塔
軍艦・河内・殉難者の碑(大正八年二月建立) 621柱
軍艦・筑波・殉難者の碑(大正八年四月建立) 152柱
特務艦・関東・殉難者の碑(大正十四年四月建立) 68柱
北京龍城軍艦・愛宕・戦死者の碑(明治三十四年五月建立) 5柱
上海事変・戦死者の碑(昭和八年一月建立) 59柱
第四艦隊遭難の殉難者の碑(昭和十一年六月建立) 36柱
支那事変・大東亜戦争・戦没者の碑(昭和二十八年九月)372柱
一般市民多数
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